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根据冷冻货物、保鲜货物、一般冷藏货物及危险品等性质的不同，在山东冷藏集装箱的使用中，堆放方法也是不同的。
一种堆装方法是货盘堆装法，除了应遵守积木堆装方式要求外，还应做到货盘上堆装箱子的四个角要上下对齐，以便重量均匀分布，箱子顶部和底部的通气孔应上下对齐，使冷空气循环畅通。另一种方法是无间隙积木式堆装，货物应该像堆积木那样堆装成一个整体，货物与箱壁之间不留任何空隙。如果装入的货物无法占满整个冷箱底面，就应使用厚纸板或类似材料覆盖剩余面积，这样可防止空气循环短路，致使货物冷却不足。
冷藏集装箱内堆装的货物，应低于红色装载线和不超出T型槽的垂直面，以保证冷空气良好循环，注意不能用塑料薄膜等材料覆盖货物。